免疫浸润分析方法
1、在生信分析中，细胞免疫浸润分析常常涉及到对大量基因表达数据的处理、整合和解读，需要运用生物信息学和数据分析的方法。
2、分析方法 GSEA：GSEA同时考虑了基因在整个表达谱中Rank of FoldChange & 同一基因集中的基因在表达谱中的相互之间的距离。
3、免疫浸润生信分析依赖于高通量数据，如RNA测序或蛋白质质谱数据，数据质量会受到实验操作、测序仪器等多种因素的影响，会导致偏差和误差。
4、并识别与肿瘤组织中基质细胞和免疫细胞浸润相关的特异性信号。通过进行单样本基因集富集分析(ssGSEA)，作者通过计算基质和免疫评分来预测浸润基质和免疫细胞的水平，这些构成了在肿瘤组织中推断肿瘤纯度的 ESTIMATE score的基础。
5、此外，高免疫浸润已与新辅助和辅助化疗的反应增加相关。
6、进行Reactome通路分析，Tko组特异性下调基因的总富集通路主要可分为氨基酸及衍生物代谢、Toll样受体级联、钼辅基生物合成、COPII介导的囊泡运输和糖胺聚糖代谢等(图7e)。
空间转录组应用领域与研究思路
1、肿瘤微环境研究：空间转录组学可以揭示肿瘤和周围微环境之间xcell干细胞美容的相互作用，帮助理解不同细胞类型在肿瘤进展中的作用。异质性分析：揭示肿瘤内部的细胞异质性，理解不同细胞克隆之间的空间分布。
2、空间转录组技术可以解析肿瘤异质性，肿瘤免疫微环境及肿瘤转移机制。未来空间转录组技术将在筛选肿瘤药物靶点，提高临床诊断准确率及发掘新的治疗手段方面提供新的思路和见解。
3、为xcell干细胞美容了提高免疫疗法的疗效，研究人员已经使用空间转录组技术来识别并随后阻断肿瘤异质性的来源。 原位杂交(ISH)是一种使细胞或组织中特定DNA或RNA分子可视化的分子技术。
4、空间转录结合单细胞，可应用于对组织内稳态，组织发育，疾病微环境，肿瘤和免疫细胞组织的微环境中，不同类型的细胞如何在空间互作的研究。
5、研究思路 主要结论 本文结合单细胞RNA测序、空间转录组测序构建了迄今最全面乳腺癌单细胞和空间图谱，并开发了一种与sc RNA-seq 兼容的内在亚型分类方法（SCSubtype），揭示了复发性肿瘤细胞异质性。
杰特宁
