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ChIP超详细实验步骤

留取300μl 做实验,其余保存于-80℃。300 μl中,100 μl 加抗体做为实验组;100 μl 不加抗体做为对照组;100 μl 加入4 μl 5 M NaCl(NaCl终浓度为0.2 M),65℃处理3 h解交联,跑电泳,检测超声破碎的效果。

实验步骤染色质制备:取材、交联、固定、破碎、洗涤、重悬、浓缩DNA片段。免疫沉淀:预杂交、抗体孵育、磁珠吸附、洗涤、解交联、DNA纯化。纯化后分析:定量PCR或ChIP-seq等方法进行后续分析。值得注意的是,交联过程需谨慎控制,染色质切割需优化条件,抗体选择至关重要,操作过程中应保持低温和避免气泡产生。

ChIP的一般流程: 甲醛处理细胞---收集细胞,超声破碎---加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA复合物相互结合---加入ProteinA,结合抗体-靶蛋白-DNA复合物,并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性结合---洗脱,得到富集的靶蛋白-DNA复合物---解交联,纯化富集的DNA-片断---PCR分析。

进行RIP实验时,基本流程如下:首先,从细胞中获取裂解液,为后续步骤提供基础样本。然后,制备含有抗体的磁珠,用于后续的免疫沉淀步骤。进行关键步骤:RNA结合蛋白的免疫沉淀,即利用抗体将目标蛋白与其结合的RNA结合物吸附在磁珠上。沉淀后,通过纯化步骤分离出RNA,以便后续的分析。

杰特宁
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发布于 2024-12-19 05:00:11
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